Das Naturschutzgebiet liegt in der Gemeinde Mühlheim an der Donau im Landkreis Tuttlingen im Naturraum Hohe Schwabenalb. Es liegt auf einer Höhe von 850 m in den Schichten des Oberjura.
Es handelt sich um ein Hochplateau auf dem Bräunisberg, das vollständig von einer Wacholderheide bedeckt ist.
Die Flora des Kraftstein entspricht im Wesentlichen der eines Kalk-Magerrasens der Schwäbischen Alb. Es gibt ein größeres Vorkommen des Gelben Enzians. Im Naturschutzgebiet Kraftstein brütet unter anderem die Heidelerche.
Das Naturschutzgebiet ist Teil des FFH-Gebiets Großer Heuberg und Donautal. Es liegt zudem im Naturpark Obere Donau.
